北京市樱花园实验学校始建于1984年。2004年1月与北京市化工学院附属小学合并成立北京市樱花园实验学校，从而结束了她作为一所普通城市初中学校的历史。

1990年开始，学校在党组织和历任校长领导下进行一系列改革，走上科学管理、科研兴校之路。以“科学配置、有效管理、人才流动、加强培训”为内容的“人力资源开发”改革，造就了优秀的领导班子和教师队伍。学校形成“以重点课题为龙头，以群众性科研为基础，学习、研究、实践三位一体”的科研工作特色，教育、教学连年获奖，学校步入先进行列，成为区“精神文明标杆单位”。 1996年许金桢校长被市政府授予“北京市十佳模范校长”光荣称号。1997年中央教育电视台以《科研兴校之路》为题向全国播放50分钟专题片，推广学校经验。

1998年后，学校坚持素质教育的方向，形成了服务型科研管理特色。自2001年起，多次被评为“北京市教育科研先进单位”。优秀课程在“北京国际可持续发展教育论坛”上展示，受到中外贵宾赞赏。德育方面，学校以爱国主义教育为主旋律，以理想教育为先导，以养成教育为基础，以班级建设为核心，形成了“崇尚自觉”的工作特色。

2004年1月，随着朝阳区教育资源整合步伐的加快，原北京市樱花园中学、原北京市朝阳区化工学院附属小学合并，组成了新生的北京市樱花园实验学校。樱花园中学并入九年一贯制的北京市樱花园实验学校，开始了新的征程。

这是一所规模不大，典型的城市社区型普通中小学一体“九年一贯制”学校，地处风景秀丽的元大都遗址公园南侧的樱花园小区，交通便利，地理位置十分优越。她规模不大却精致而有特色，是朝阳区十一五首批初中示范校。

近年来，学校中考成绩处于朝阳区初中学校领先水平。每年学校有70%的毕业生考入北京四中、人大附中、北京五中、北京八十中等市、区级重点学校。学校先后被中国教育研究会、北京市精神文明建设委员会、北京市教委等有关政府部门和组织授予全国十佳办学单位、北京市文明单位、北京市教育科学研究先进学校、北京市绿色学校、北京市少先队工作特色示范学校等荣誉称号。

2011年1月， 学校在朝阳区引进的特级教师、名校长林辉校长的带领下，学校在朝阳区引进的名校长林辉校长的带领下，秉承“传承文化，为学生的终身发展奠基”的教育使命，践行“以人为本，和谐发展”的办学理念。在学校层面狠抓特色建设，为学生生命成长领航；在教师层面重视队伍建设，为学生生命成长护航；在学生层面追求生命成长，为幸福人生奠基。

学校坚持造就教育，倡导“不求学生个个全优，但求学生人人进步，让每一个孩子的个性得到完善与发展，让每一个孩子带着微笑走出樱花园实验学校的大门”的育人理念。因此，生命化的课堂成为学生生命成长的驿站；多样化的课程成为学生生命成长的沃土；多元化的评价成为学生生命成长的动力源泉；动力机制建设成为学生生命成长的助推器；多彩的校园文化生活成为学生生命成长的百草园。

学校教师锐意进取，涌现出包括一批包括市级先进德育工作者，北京市“紫禁杯”优秀班主任、朝阳区骨干教师、朝阳区优秀学科带头人等一大批中坚力量。学校先后被评为朝阳区五一劳动奖状， “十二五”时期朝阳区首批区级素质教育示范校、朝阳区美术优秀校。

学校在林辉校长的带领下，将续写更加辉煌的篇章。